Začátky Perlu pro bioinformatiku

Recenze čtenářů

Kniha „Beginning Perl for Bioinformatics“ je zdrojem zaměřeným na výuku programování v jazyce Perl speciálně pro pracovníky v biologických vědách, zejména v bioinformatice. Je přizpůsobena začátečníkům bez předchozích zkušeností s programováním a získala pozitivní ohlasy pro své jasné vysvětlení, praktické příklady a schopnost demystifikovat programovací koncepty. Několik recenzí však zmiňuje, že kniha nemusí být dostatečně obsáhlá a může být zastaralá, což může vést k potenciálním problémům s laděním skriptů.

⬤ Přehledné a srozumitelné pro začátečníky.
⬤ Poskytuje jemný úvod do Perlu s praktickými aplikacemi v bioinformatice.
⬤ Obsahuje jasné příklady a cvičení, které se vztahují k biologickým problémům.
⬤ Efektivně učí základní koncepty programování a regulární výrazy.
⬤ Vřele doporučujeme jako výchozí bod pro biology, kteří se chtějí naučit programovat.

⬤ Někteří uživatelé považovali knihu za příliš základní a nedostatečně hlubokou pro pokročilejší studenty.
⬤ Mnoho recenzentů poznamenalo, že je zastaralá, což může vést k problémům s laděním skriptů.
⬤ Některé příklady a vysvětlení by mohly být lepší, zejména u složitých témat.
⬤ Není vhodné pro ty, kteří již mají znalosti Perlu.

(na základě 47 hodnocení čtenářů)

Původní název:

Beginning Perl for Bioinformatics

Obsah knihy:

Díky své vysoce rozvinuté schopnosti odhalovat vzory v datech se Perl stal jedním z nejoblíbenějších jazyků pro analýzu biologických dat. Pokud jste však biolog s malými nebo žádnými zkušenostmi s programováním, mohou být začátky v Perlu náročné. Pro mnoho biologů je obtížné naučit se tento jazyk používat v bioinformatice. Nejpopulárnější knihy o programování v Perlu jsou často příliš teoretické a příliš zaměřené na informatiku pro neprogramujícího biologa, který potřebuje řešit velmi specifické problémy. Kniha Začátky Perlu pro bioinformatiku je navržena tak, abyste rychle překonali bariéru jazyka Perl tím, že k programování přistupuje jako k nové důležité laboratorní dovednosti a odhaluje programy a techniky v Perlu, které jsou v laboratoři okamžitě užitečné. Každá kapitola se zaměřuje na řešení konkrétního bioinformatického problému nebo třídy problémů, přičemž začíná těmi nejjednoduššími a s postupem knihy se zvyšuje jejich složitost. Každá kapitola obsahuje programovací cvičení a učí bioinformatiku na základě ukázky a úprav programů, které řeší různé druhy praktických biologických problémů. Na konci knihy budete mít solidní znalosti základů Perlu, sbírku programů pro takové úlohy, jako je parsování BLASTu a GenBank, a dovednosti, které vám umožní pustit se do pokročilejšího programování bioinformatiky. Některé z pozdějších kapitol se podrobněji zaměřují na konkrétní bioinformatická témata.

Tato kniha je vhodná pro použití jako učebnice ve třídě, pro samostudium i jako referenční příručka. Kniha obsahuje: Základy programování a práce se sekvencemi a řetězci DNA.

Ladění kódu.

Simulace genových mutací pomocí generátorů náhodných čísel.

Regulární výrazy a hledání motivů v datech.

Pole, hashe a relační databáze.

Regulární výrazy a restrikční mapy.

Použití Perlu k analýze záznamů PDB, anotací v GenBank a výstupu BLAST.