Pochopení molekulární simulace - od algoritmů k aplikacím (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Recenze čtenářů

Kniha je dobře hodnocena pro své jasné vysvětlení metod molekulární simulace, což z ní činí oblíbenou volbu pro studenty i výzkumné pracovníky. Je užitečná zejména pro začátečníky a zahrnuje jak techniky Monte Carlo (MC), tak molekulární dynamiky (MD). Někteří čtenáři však shledávají problémy s kvalitou elektronické verze knihy, se závislostí na zastaralých programovacích postupech, jako je Fortran, a se zaměřením na algoritmy spíše než na praktické příklady kódování.

Jasné vysvětlení pojmů molekulární simulace, vhodné pro začátečníky, užitečné algoritmy, podrobné pokrytí metod MC a MD, doporučeno poradci, kvalitní tištěná verze.

Elektronická verze knihy trpí nízkou kvalitou s chybějícím textem a symboly, zaměřením na zastaralý kód Fortranu, některý obsah jakoby zkopírovaný z jiných klasických textů, chybí pokročilé MD techniky, nemusí dobře sloužit pokročilým uživatelům.

(na základě 23 hodnocení čtenářů)

Původní název:

Understanding Molecular Simulation - From Algorithms to Applications (Frenkel Daan (FOM Institute for Atomic and Molecular Physics The Netherlands))

Obsah knihy:

Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications vysvětluje fyziku, která se skrývá za "recepty" molekulární simulace pro materiálové vědy. Počítačoví simulátoři jsou neustále konfrontováni s otázkami týkajícími se volby konkrétní techniky pro danou aplikaci. Existuje široká škála nástrojů, takže volba techniky vyžaduje dobré pochopení základních principů. Ještě důležitější je, že takové porozumění může výrazně zlepšit účinnost simulačního programu. Implementace simulačních metod je ilustrována na pseudokodech a jejich praktické využití na případových studiích použitých v textu.

Od prvního vydání před pouhými pěti lety se svět simulací výrazně změnil - současné techniky dozrály a objevily se nové. Toto nové vydání se zabývá těmito novinkami; zejména jsou zde kapitoly o:

- Vzorkování přechodových drah a difúzní překračování bariér pro simulaci událostí.

- Disipativní dynamika částic jako technika simulace průběhu.

- Nová schémata pro výpočet dálkových sil.

- Hamiltonovská a nehamiltonovská dynamika v kontextu simulací molekulové dynamiky při konstantní teplotě a konstantním tlaku.

- Algoritmy s více časovými kroky jako alternativa pro omezení.

- Defekty v pevných látkách.

- Ořezané obohacené Rosenbluthovo vzorkování, recoil-growth a sladěné rotace pro složité molekuly.

- Paralelní temperování pro skelné hamiltoniány.

Jsou uvedeny příklady, které upozorňují na současné aplikace, a kódy případových studií jsou k dispozici na World Wide Webu. Od prvního vydání bylo přidáno několik nových příkladů, které ilustrují nejnovější aplikace. V tomto novém vydání jsou zahrnuty otázky. Nepředpokládají se žádné předchozí znalosti počítačové simulace.