Mastering Python for Bioinformatics (Zvládnutí jazyka Python pro bioinformatiku): Jak psát flexibilní, zdokumentovaný a otestovaný kód v jazyce Python pro výzkumné výpočty?

Recenze čtenářů

Kniha je komplexním zdrojem informací pro výuku bioinformatiky, nabízí praktické příklady, důkladné vysvětlení pojmů a zaměřuje se na dovednosti vývoje softwaru, které bioinformatici potřebují. Některé kódy uvedené v knize však mohou být nefunkční, což může bez další pomoci bránit v pokroku.

⬤ Skvělé pro výuku bioinformatiky s praktickými příklady ze skutečných problémů.
⬤ Podrobné vysvětlení zdůvodnění řešení.
⬤ Cenná diskuse o sestavování programů a efektivním využívání dat.
⬤ Zahrnuje obsah o testování a dokumentaci při programování.
⬤ Vhodné pro jednotlivce s určitými zkušenostmi s programováním.

⬤ Některé příklady kódu jsou nefunkční a jejich oprava může vyžadovat pomoc zvenčí.
⬤ Nemusí být vhodné pro úplné začátečníky v biologii nebo programování bez předchozích znalostí.

(na základě 3 hodnocení čtenářů)

Původní název:

Mastering Python for Bioinformatics: How to Write Flexible, Documented, Tested Python Code for Research Computing

Obsah knihy:

Vědci v oblasti biologie dnes naléhavě potřebují školení v oblasti bioinformatiky. Příliš mnoho bioinformatických programů je špatně napsaných a sotva udržovaných, obvykle studenty a výzkumnými pracovníky, kteří se nikdy nenaučili základní programátorské dovednosti. Tato praktická příručka ukazuje odborníkům a studentům bioinformatiky po ukončení studia, jak využít nejlepší části jazyka Python k řešení problémů v biologii a zároveň vytvářet zdokumentovaný, otestovaný a reprodukovatelný software.

Ken Youens-Clark, autor knihy Tiny Python Projects (Manning), ukazuje nejen jak psát efektivní kód v Pythonu, ale také jak používat testy při psaní a refaktorizaci vědeckých programů. Seznámíte se s nejnovějšími funkcemi a nástroji jazyka Python, včetně linterů, formátovačů, kontrolorů typů a testů, které vám umožní vytvářet dokumentované a testované programy. Budete také řešit 14 úkolů v Rosalindu, platformě pro řešení problémů při výuce bioinformatiky a programování.

⬤ Vytvoříte programy v jazyce Python pro příkazový řádek, které dokumentují a ověřují parametry.

⬤ Napíšete testy pro ověření refaktorizace programů a potvrdíte jejich správnost.

⬤ Zpracovávat bioinformatické myšlenky pomocí datových struktur a modulů jazyka Python, jako je například Biopython.

⬤ Vytvářet reprodukovatelné zkratky a pracovní postupy pomocí souborů make.

⬤ Parsovat základní formáty bioinformatických souborů, jako jsou FASTA a FASTQ.

⬤ Najít vzory textu pomocí regulárních výrazů.

⬤ Používat funkce vyššího řádu v jazyce Python, jako jsou filter(), map() a reduce().