Kvantitativní biologie: Teorie, výpočetní metody a modely

Recenze čtenářů

Aktuálně nejsou k dispozici žádné recenze čtenářů. Hodnocení je založeno na 9 hlasů.

Původní název:

Quantitative Biology: Theory, Computational Methods, and Models

Obsah knihy:

Úvod do kvantitativního modelování biologických procesů, představení modelovacích přístupů, metodologie, praktických algoritmů, softwarových nástrojů a příkladů současného výzkumu.

Kvantitativní modelování biologických procesů slibuje rozšíření biologického výzkumu z vědy pozorování a objevování na vědu přísných předpovědí a kvantitativní analýzy. Rychle se rozvíjející obor kvantitativní biologie se snaží využít vznikajících technologických a výpočetních možností biologie k modelování biologických procesů. Tato učebnice nabízí úvod do teorie, metod a nástrojů kvantitativní biologie.

Kniha nejprve představuje základy biologického modelování a zaměřuje se na některé z nejpoužívanějších formalismů. Poté představuje základní metodologii modelově řízených analýz biologických dat, zahrnující metody, jako je rekonstrukce sítě, kvantifikace neurčitosti a návrh experimentů; praktické algoritmy a softwarové balíky pro modelování biologických systémů; a konkrétní příklady současného kvantitativního biologického výzkumu a souvisejících specializovaných metod. Většina kapitol nabízí problémy, postupující od jednoduchých ke složitým, které prověří čtenářovo zvládnutí takových klíčových technik, jako jsou deterministické a stochastické simulace a analýza dat. Mnoho kapitol obsahuje úryvky kódu, které lze použít k obnovení analýz a generování obrázků souvisejících s textem. Příklady jsou uvedeny ve třech populárních počítačových jazycích: Matlab, R a Python. Text doplňuje řada online zdrojů.

Redakce je dlouholetým organizátorem každoroční letní školy q-bio, která byla založena v roce 2007. Prostřednictvím této školy pomohli redaktoři vyškolit více než 400 hostujících studentů v Los Alamos, NM, Santa Fe, NM, San Diegu, CA, Albuquerque, NM a Fort Collins, CO. Tato kniha je inspirována učebními osnovami této školy a většina přispěvatelů se jí účastnila jako studenti, lektoři nebo obojí.

Přispěvatelé.

John H. Abel, Roberto Bertolusso, Daniela Besozzi, Michael L. Blinov, Clive G. Bowsher, Fiona A. Chandra, Paolo Cazzaniga, Bryan C. Daniels, Bernie J. Daigle, Jr., Maciej Dobrzynski, Jonathan P. Doye, Brian Drawert, Sean Fancer, Gareth W. Fearnley, Dirk Fey, Zachary Fox, Ramón Grima, Andreas Hellander, Stefan Hellander, David Hofmann, Damian Hernandez, William S. Hlavacek, Jianjun Huang, Tomasz Jetka, Dongya Jia, Mohit Kumar Jolly, Boris N. Kholodenko, Markek Kimmel, Michal Komorowski, Ganhui Lan, Heeseob Lee, Herbert Levine, Leslie M Loew, Jason G. Lomnitz, Ard A. Louis, Grant Lythe, Carmen Molina-Par s, Ion I. Moraru, Andrew Mugler, Brian Munsky, Joe Natale, Ilya Nemenman, Karol Nienaltowski, Marco S. Nobile, Maria Nowicka, Sarah Olson, Alan S. Perelson, Linda R. Petzold, Sreenivasan Ponnambalam, Arya Pourzanjani, Ruy M. Ribeiro, William Raymond, Herbert M. Sauro, Michael A. Savageau, Abhyudai Singh, James C. Savageau, Abhyudai Singh. Schaff, Boris M. Slepchenko, Thomas R. Sokolowski, Petr Šulc, Andrea Tangherloni, Pieter Rein ten Wolde, Philipp Thomas, Karen Tkach Tuzman, Lev S. Tsimring, Dan Vasilescu, Margaritis Voliotis, Lisa Weber.