Genomika v oblacích: Použití Dockeru, Gatku a Wdl v systému Terra

Recenze čtenářů

Kniha poskytuje ucelený a přístupný úvod do výpočetní genomiky s praktickými cvičeními a přístupem krok za krokem. Přestože je kniha dobře hodnocena pro svůj obsah a styl výuky, objevují se stížnosti na kvalitu grafiky a zaměření na lidskou genomiku, přičemž někteří čtenáři doufají v aktualizace vzhledem k rychle se měnícím technologiím.

⬤ Stručný úvod do výpočtů a genomiky
⬤ návody krok za krokem pro praktická cvičení
⬤ vtipný a poutavý styl psaní
⬤ komplexní reference o osvědčených postupech
⬤ užitečné pro uživatele GATK
⬤ přístupné pro začátečníky i zkušené výzkumníky
⬤ dobře strukturované pro skupinovou výuku.

⬤ Špatná kvalita obrázků a grafiky
⬤ některý obsah může být s novými technologickými verzemi zastaralý
⬤ omezené zaměření na ne-lidskou genomiku
⬤ problémy s kvalitou tisku fyzických kopií.

(na základě 8 hodnocení čtenářů)

Původní název:

Genomics in the Cloud: Using Docker, Gatk, and Wdl in Terra

Obsah knihy:

Data v oblasti genomiky jsou na vzestupu. Během několika let budou organizace, jako jsou Národní ústavy zdraví (NIH), hostit více než 50 petabajtů - tedy přes 50 milionů gigabajtů - genomických dat a obracejí se na cloudovou infrastrukturu, aby tato data zpřístupnily výzkumné komunitě.

Jak přizpůsobit analytické nástroje a protokoly pro přístup k takovému objemu dat a jejich analýzu v cloudu? Díky této praktické knize se výzkumní pracovníci naučí pracovat s genomickými algoritmy pomocí nástrojů s otevřeným zdrojovým kódem, včetně nástrojů Genome Analysis Toolkit (GATK), Docker, WDL a Terra. Průvodci jsou Geraldine Van der Auwera, dlouholetá strážkyně komunity uživatelů GATK, a Brian O'Connor z Genomického institutu UC Santa Cruz.

Učit se budete prací se skutečnými daty a genomickými algoritmy z praxe. Tato kniha se zabývá: Základní informace o genomice a výpočetních technologiích Základní operace v cloudu Začínáme s GATK a tři hlavní pipelines GATK Best Practices Automatizace analýzy pomocí skriptovaných pracovních postupů s využitím WDL a Cromwell Škálování provádění pracovních postupů v cloudu, včetně paralelizace a optimalizace nákladů Interaktivní analýza v cloudu s využitím notebooků Jupyter Bezpečná spolupráce a reprodukovatelnost výpočtů s využitím Terra.