Analýza dat Rna-Seq: Praktický přístup

Recenze čtenářů

Tato kniha je velmi oceňována pro svůj podrobný úvod do technologie RNAseq, takže je ideální pro začátečníky a učitele bioinformatiky. Komplexně pokrývá praktické aplikace, obsahuje pokyny pro příkazový řádek a poskytuje příklady z reálného života, které usnadňují učení. Někteří uživatelé však upozornili na problémy s dostupností dat z doporučených webových stránek a měli pocit, že některé technické aspekty, zejména ty, které se týkají R, nejsou dostatečně zastoupeny.

⬤ Vysoce praktické a komplexní
⬤ vynikající pro začátečníky
⬤ obsahuje pokyny krok za krokem a příklady z reálného života
⬤ vhodné pro výuku
⬤ samostatné a pokrývá různé nástroje a metody RNAseq.

⬤ K některým datovým sadám nebylo možné se dostat
⬤ nemusí pokrývat všechny relevantní nástroje
⬤ nedostatečně zastoupená část o R
⬤ více zaměřená na bioinformatiky než na vědce z mokrých laboratoří.

(na základě 15 hodnocení čtenářů)

Původní název:

Rna-Seq Data Analysis: A Practical Approach

Obsah knihy:

Současný stav analýzy transkriptomu Data ze sekvenování RNA (RNA-seq) nabízejí bezprecedentní informace o transkriptomu, ale využití těchto informací pomocí bioinformatických nástrojů je obvykle úzkým místem. Analýza dat RNA-seq: Praktický přístup umožňuje výzkumníkům zkoumat rozdílnou expresi na úrovni genů, exonů a transkriptů a objevovat nové geny, transkripty a celé transkriptomy.

Vyvážené pokrytí teorie a praxe Každá kapitola začíná teoretickými východisky, následuje popis příslušných analytických nástrojů a praktické příklady. Příklady jsou přístupné jak bioinformatikům, tak vědcům, kteří neprogramují v mokrých laboratořích, a ilustrují použití nástrojů příkazového řádku, R a dalších nástrojů s otevřeným zdrojovým kódem, jako je grafický software Chipster.

Nástroje a metody pro začátek ve vaší laboratoři Tato samostatná příručka, která čtenáře provede celým pracovním postupem analýzy dat, poskytuje podrobný přehled hlavních metod analýzy dat RNA-seq a vysvětluje, jak je používat v praxi. Je vhodná pro výzkumné pracovníky z nejrůznějších oborů, včetně biologie, medicíny, genetiky a informatiky. Knihu lze využít i v postgraduálním nebo pokročilém bakalářském kurzu.